如何处理和解决煤炭资源配置遗留的问题，是相关行政管理机关及矿业企业在煤炭资源专项整治中必须要面对的问题。
虽然内蒙古煤炭资源配置政策已成为过去时，但因政策执行时间长，影响范围广，加之矿产资源管理改革、新旧政策交替等因素，煤炭资源配置政策所产生的历史遗留问题至今尚未完全解决。近年来，内蒙古围绕煤炭资源配置出现了一系列民事、行政和刑事领域的矛盾和纠纷，目前开展的专项整治活动，更使煤炭资源配置问题成为备受关注的焦点问题。对于煤炭资源配置历史遗留问题的解决，笔者提出以下几点建议：
一是坚持将合法性作为评判煤炭资源配置的标尺。
合法行政原则是行政机关做出行政行为时应遵循的一项基本原则。煤炭资源配置作为政府对煤炭资源管理的行政行为，应严格遵循合法行政原则。涉及煤炭资源配置的相关企业，判断政府机关具体煤炭资源配置行为时，也应以合法性为标准。对于符合矿产资源法律法规和内蒙古煤炭资源配置政策的配置行为，相关企业应与政府及有关部门积极沟通，将政策落实到位，保障煤矿企业依法应获得的权益；对于违反矿产资源法律法规和内蒙古煤炭资源配置政策的配置行为，相关企业可以主张政府资源配置行为违法；企业基于对政府煤炭资源配置政策或者承诺信赖而进行的项目投资，但最终并未实际获得煤炭资源配置利益的，可以根据信赖利益保护原则，要求政府给予投资损失合理补偿，或者根据具体情况，向其他责任主体主张赔偿。
二是坚持政府在解决煤炭资源配置历史遗留问题中发挥主导作用。
内蒙古煤炭资源配置政策执行时间长，政策前后变化大，涉及情况复杂，影响众多煤炭井田开发和煤炭矿业权设立。目前，历史遗留问题涉及各种复杂因素，有的属于井田规划原因，有的涉及环保因素，有的是同一井田配置多个企业，有的配置主体和配置程序存在问题等。解铃还须系铃人。内蒙古自治区政府作为煤炭资源配置政策的制定者和执行者，对于历史遗留问题的解决，同样必须发挥主导作用。只有政府发挥主导作用，才能在综合判断的基础上，依据现有政策和路径，为解决历史遗留问题提出切实合理可行的方案。同时，政府也能调动各种资源，协调相关利益主体协商一致，通过资源置换、合作开发、利益补偿等方式最终解决问题。
三是坚持将企业之间平等协商作为解决历史遗留问题的重要路径。
煤炭资源配置历史遗留问题产生的原因是多方面的。平等协商有利于使各方主体的权益都得到落实。上述历史遗留问题原因复杂，存在周期长，干扰因素多，解决难度非常大。利益相关企业必须认识到，由于煤炭资源配置是政府主导进行的，其政策依据较为简单，审批的事实材料和程序文件可能存在瑕疵。有的历史遗留问题要区分绝对的谁是谁非难度较大，寸土必争、分毫不让必然导致纠纷无期限拖延下去，最终损害的还是企业自身的利益。只有采取平等协商、相互妥协、互有退让的方式才是解决问题的最佳路径，在各方协商一致的基础上，采取利益补偿、资源置换、转让资源配置权益、共同开发等方式，尽快使各方的煤炭资源配置权益得到落实。
四是坚持将司法救济作为解决历史遗留问题的最后手段。
在政府协调和企业协商不能解决问题的情况下，通过诉讼寻求司法救济成为解决问题的最后手段。对于因行政机关不履行职责或违法行政导致问题无法解决的，企业可依法提起行政复议、行政诉讼。对于企业之间因煤炭资源配置引发的矿业权侵权、投资补偿、股权合作等方面的纠纷，可通过民事诉讼的方式予以解决。对于煤炭资源配置中出现的非法采矿、国有资产流失等违法犯罪行为，企业可依法向有关机关进行控告和举报。